Naast de Stichting Hortus Botanicus is er ook de vereniging 'Vrienden van de Amsterdamse Hortus', opgericht in 1986. Het is een actieve vereniging die nauw betrokken is bij de ontwikkelingen in de Hortus. De vereniging telt maar liefst 8000 leden, en is daarmee een van de grootste vriendenverenigingen in Nederland.